Beim komplexesten Automatisierungsgrad werden durch den Einsatz hochautomatisierter Anlagen manuelle Abläufe ersetzt und Kommissionierprozesse rationalisiert. Systeme wie automatische Sortierer, robotergestützte Kommissioniersysteme, fahrerlose Transportsysteme (FTS) und automatische Palettierer übernehmen in diesem Fall komplexe Entscheidungen.